داستان خود را برای ما ارسال کنید!

بدون ديدگاه

من چطور مدرس کارپنتری شدم؟

سلام
من الناز امان‌زاده ججین هستم.

دکترای زیست شناسی سلولی مولکولی از دانشگاه اصفهان را دارم. از دوره ی فوق لیسانس به راهنمایی استاد راهنمایم وارد حوزه ی بیوانفورماتیک شدم. باید اعتراف کنم که هیچ چیز بلد نبودم. از بنچ‌های آزمایشگاه دل کنده بودم و با اینکه در رویای پیپت کردن و طراحی پرایمر و دستکاری ژنومی بودم، خودم را به زحمت پشت میز کامپیوتر نشاندم و گفتم: «باید چیز جدیدی یاد بگیرم.» مثل راه رفتن چشم بسته بود. اولین داده‌ای که داشتم، تعدادی توالی پروتئینی بود که باید توالی‌های شناسایی شون رو مقایسه می‌کردم و بر همین اساس طبقه بندی جدیدی رو انجام می‌دادم. برای این کار درباره‌ی مفاهیم Machine Learning آموزش دیدم. بعد از یک سال آموزش و پژوهش مداوم و حجم زیادی از داده‌ها که مدیریتش برام جای سوال بزرگی داشت، مقاله رو نوشتیم و برای یه مجله‌ی خوب در سطح فوق لیسانس فرستادیم. چند ماه بعد، در بازبینی مقاله ازمون خواسته بودن بخش Machine Learning رو به صورت برنامه نویسی اجرا کنیم و از هیچ نرم افزاری استفاده نکنیم. برای این کار یک ماه بیشتر وقت نداشتم. در مدت یک ماه، کتاب و دی‌وی‌دی آموزشی زبان برنامه نویسی MATLAB رو گرفتم و با کمک از استادهای عزیزم، برنامه‌ی تجزیه و تحلیل مناسب مقاله‌م رو نوشتم و درست دو روز پیش از تمام شدن زمان بازبینی کارش تمام شد. مقاله رو فرستادیم و با موفقیت پذیرش و چاپ شد. این شد اولین مقاله‌ی زندگی من در زمینه‌ی بیوانفورماتیک. حالا که می‌بینم، یک مقاله‌ با امتیاز ۲ بیشتر نیست، اما من می‌دونم که با چه زحمتی اون پایپ‌لاین به زبان MATLAB رو نوشتم تا داده‌ها رو به درستی تجزیه و تحلیل کنم.
یک سال و نیم بعد، وقتی وارد دوره‌ی دکتری شدم، باز هم در سرم رویاهای متفاوتی داشتم. این بار دیگه خودم رو محدود نکردم. پایان نامه‌ی آزمایشگاهی داشتم. اما حدود ۲۱ هفته ایمیل زدم و مکاتبه کردم، تا اینکه بالاخره از یکی از اساتید پیشرو در کشور آلمان پاسخ مثبت دریافت کردم. تابستان ۱۳۹۶ بود. طبق صحبت هایی که در جلسه‌ی اول با هم داشتیم، قرار رو بر برگزاری جلسات هفتگی و یادگیری زبان برنامه نویسی پایتون برای حل و فصل مسائل زیستی و کار با داده‌های ژنومی گذاشتیم. حدود ۹ ماه این روند پیدا کرد، تا اینکه برام سروری در نظر گرفتن و داده‌های ژنومی و توالی یابی رو در اختیارم قرار دادن تا با نرم افزار طراحی شده ی خودشون یعنی reademption تجزیه و تحلیل کنیم. روز اول عید سال ۱۳۹۷ بود که از ساعت ۶ صبح بیدار شدم تا وقتی که بقیه ی اعضای خانواده از خواب بیدار میشن، بتونم بخشی از کار رو انجام بدم. تمام مراحل از دانلود فایل ها تا تغییر فرمت و تجزیه و تحلیل و حل ارورهای دستورهایی که می‌نوشتم، همه و همه به عهده‌ی خودم بود. این سعی و خطاها حدود شش ماه طول کشید. تابستون ۹۷ سخت گذشت. در میان دردسرهای گرانی دلار و لغو تعداد زیادی از فرصت های مطالعاتی، با چندین بار رفت و آمد به پایتخت دود و دم و دوندگی‌های خسته کننده و کاغذبازی‌های بی نتیجه، بالاخره کارها انجام شد و با دریافت ویزا بالاخره راهی شهر کلن آلمان شدم. از روزی که رسیدم، شدم مسئول ادامه‌ی پروژه‌ای که بخش اولش رو انجام داده بودم و آموزش روش مدیریت داده‌های با حجم بالای ژنومی به دانشجویان ورودی به مرکز مطالعاتی و تحقیقاتی مرکز ZB MED در شهر کلن آلمان. فکر می‌کنم دکتر فورستنر متوجه تلاش بی وقفه‌ی من شد که در یکی از کارگاه‌های Software Carpentry من رو به عنوان دستیار معرفی کرد. این اتفاق یکی از زیباترین رویدادهای فرصت مطالعاتی‌م مطرح شد. بعد از مدت‌ها سماجت در یادگیری و مدت طولانی کار روی مباحث جدید، از جمله نوشتن پکیج، استادم تصمیم گرفت من رو به عنوان کسی که توانایی تدریس داره و می تونه در کارگاه‌های تربیت مدرس شرکت کنه، به مدیر بنیاد کارپنتری که به آلمان آمده بود، معرفی کنه. با شرکت در این سری کارگاه‌ها و ماهها انتظار، بالاخره مدرک تدریسم رو گرفتم و با مکاتبات انجام شده با بنیاد، قرار شد به عنوان نماینده‌ی این بنیاد در قاره ی آسیا معرفی بشم. از اینکه یکی از اعضای فعال جامعه ی بزرگ بیوانفورماتیک و یکی از اعضای پیشرو آموزش برنامه نویسی به دانشجویان زیست شناسی هستم سپاسگزار خداوند هستم. ما در بنیاد کارپنتری اعتقاد داریم که امروز،‌ دنیای ما دنیای داده ها است. حجم بسیار بالایی از داده ها در دست هستن که تا به حال فقط بخش کوچکی از اونها مورد استفاده قرار گرفتن و هزاران داده‌ی ریز و درشت و مفید دیگه در دل اونها نهفته است که با آموزش صحیح مباحث برنامه نویسی، امکان استخراج این اطلاعات ایجاد میشه. این کار علاوه بر کمک به پیشرفت علوم زیست شناسی، قدمی در راستای اتصال گروه‌های تحقیقاتی به دنیای علوم داده یا Data Science هست که ادعا می‌شه علم اول بیست سال آینده‌ی جهان هست. ما می‌تونیم یکی از کشورهای پیشرو دنیا در این زمینه باشیم.
شما هم اگر دوست دارید داستان ورودتون به دنیای بیوانفورماتیک و برنامه نویسی رو تعریف کنید، داستان خودتون رو به آدرس ایمیل: elnaz_amanzadeh@bioinfiran.ir ارسال بفرمایید.

نوشتن دیدگاه

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.

شش + 3 =